В вакуумной упаковке тофу хранится при комнатной температуре в течение нескольких недель (как правило, срок годности указан на упаковке с продуктом).
В домашних условиях, после вскрытия упаковки, тофу необходимо залить холодной кипячёной водой, поместить в стеклянную или эмалированную посуду и поставить в холодильник. В таком виде тофу может храниться в течение 7 дней. При этом важно помнить, что воду необходимо менять каждый день.
Тофу можно также замораживать (первыми стали это делать буддийские монахи). Правда, в ходе замораживания он становится на на вкус более жёстким и пористым (желтоватый оттенок, который тофу получает при замораживании, исчезает вместе с оттаиванием).