Хранят шалот в сухих холодных помещениях или при комнатной температуре. Этот лук хорошо сохраняется в течение 5—7 месяцев. Многие ценители сразу же после сбора чистят шалот, режут, слегка увлажняют, замораживают и хранят в холодильнике в пластиковых коробочках. Аналогичным образом замораживают и зелень шалота.
В США шалот не сушат на солнце, а сразу же после уборки помещают в холодильник, поскольку пребывание этого лука в условиях высокой температуры воздуха ухудшает его вкус и сказывается на качестве деликатесных блюд.